พระยาไกรเพชรรัตนสงคราม (แฉ่ บุนนาค) ป่วยเป็นโรคปัสสาวะพิการ แล้วภายหลังเป็นโรคชรา โรคก็กำเริบตามลำดับ มีอาการบวมขี้นทั้งตัว เหลือกำลังของแพทย์ที่จะเยียวยา ครั้นถึงวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2456 เวลา 24.00 น. เศษ พระยาไกรเพชรรัตนสงครามก็ถึงแก่อนิจกรรม สิริอายุได้ 61 ปี พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสิทธิประสงค์ เสด็จแทนพระองค์มาพระราชทานน้ำหลวงอาบศพ ได้รับพระราชทานโกศราชนิกูลสำหรับกับลอง ตั้งเหนือแว่นฟ้าสองชั้นเป็นเกียรติยศ